Zgodnie z art. 3e Rozporządzenia 1084/2006 oraz art. 7 ust. 1 pkt d Rozporządzenia 1080/2006 podatek od towarów i usług (VAT) może być uznany za wydatek kwalifikowany tylko wtedy, gdy został rzeczywiście i ostatecznie poniesiony przez Beneficjenta oraz Beneficjent nie ma prawnej możliwości odzyskania podatku VAT. Możliwość odzyskania podatku VAT należy rozpatrywać w świetle Ustawy o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004 r. (Dz. U.2004 nr 54 poz.535 z późn. zm.). Zasada określona w ww. rozporządzeniach oznacza, iż zapłacony VAT może być uznany za wydatek kwalifikowalny tylko i wyłącznie wówczas, gdy Beneficjentowi, zgodnie z obowiązującym ustawodawstwem krajowym, nie przysługuje prawo (czyli Beneficjent nie ma prawnych możliwości) do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego lub ubiegania się o zwrot VAT. Mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, iż w przypadku, gdy wyremontowana infrastruktura nie będzie wykorzystywana do wykonywania czynności opodatkowanych, koszt podatku VAT dla sieci wodociągowej i kanalizacyjnej będzie kosztem kwalifikowanym w ramach projektu.
Zastrzeżenia budzi jednakże możliwość przekazania przez Gminę infrastruktury powstałej w wyniku realizacji projektu dofinansowanego ze środków EFRR w ramach RPO WL przedsiębiorstwu komunalnemu. Zdaniem IZ RPO WL przekazanie takiego majątku aportem w ciągu 5 lat od daty zakończenia realizacji projektu związane byłoby z istotnym ryzykiem naruszenia zasady trwałość projektu.
Portal finansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Lubelskiego na lata 2007-2013